Nikko ist nicht nur für den Toshogu-Schrein und die Kegon-Wasserfälle bekannt, sondern auch für seine traditionellen Onsen-Hotels (Ryokan) mit heißen Quellen. Gäste erwartet eine Auswahl an Unterkünften, die von klassischen Ryokan mit Tatami-Böden und Kaiseki-Dinners bis hin zu modernen Hotels mit Innen- und Außenbädern reicht. Das Budget variiert je nach Lage und Ausstattung: Ein Aufenthalt in einem einfachen Ryokan beginnt bei etwa 100 Euro pro Person und Nacht inklusive Frühstück und Abendessen, während gehobene Hotels mit Seeblick oder in der Nähe des UNESCO-Weltkulturerbes deutlich mehr kosten können.
Für einen perfekten Onsen-Aufenthalt eignen sich besonders die Gegend um den Chuzenji-See und die Kinugawa-Onsen-Region. Das Hatago Nagomi liegt direkt am See und bietet freie Parkplätze, familienfreundliche Zimmer und ein gemeinsames Bad mit natürlichem Quellwasser - ideal für Aktivurlauber. Das Yutorelo Nikko bietet eine gute Bewertung (80) für seine kostenlosen Privatparkplätze und das hauseigene Freiluftbad. Geschichtsinteressierte, die Wert auf klassischen Charme legen, schätzen das Sakahijiri Nikko mit seinem öffentlichen Bad und der Lounge. Für alle gilt: Die Zimmer sind oft nur über Treppen erreichbar, was bei der Buchung zu beachten ist. Besonders empfehlenswert ist das Nikko Station Hotel Classic (Bewertung 82), das direkt am Bahnhof liegt und einen kostenlosen Shuttle zum Toshogu-Schrein anbietet - praktisch für alle, die ohne Auto anreisen.